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下一代基因测序(NGS)市场由Illumina主导|凤凰城娱乐官网

凤凰城娱乐官网 军事 2020年12月19日
本文摘要:目前,下一代基因测序(NGS)市场由Illumina主导。长链读码器技术NGS在长链读码器领域取得了很大进展,这说明了基因组合mRNA的复杂性。在基因组分析过程中,主要问题是处理重复的DNA序列。在质量、产量和成本上,MinION和Illumina没有一定差距,但牛津纳米孔的仪器在阅读器长度和移动性两个方面有优势。

读码器

目前,下一代基因测序(NGS)市场由Illumina主导。自海信qX测序平台上线以来,基因测序的成本大幅降低,甚至研究级全基因组测序的成本也一直稳定在1000美元左右。此后,该级别唯一竞争对手——华大基因的Revolocity测序仪也变得困难。

这也导致很多研究人员推测,从长远来看,不会导致该领域缺乏竞争力,导致NGS发展缓慢(至少在短链读者研究方面)。然而,令人欣慰的是,NGS在其他领域发展迅速。最近《基因工程生物技术新闻》对这些领域进行了盘点,作者为主要内容开发了编译器。

1.长链读码器技术NGS在长链读码器领域取得了很大进展,这说明了基因组合mRNA的复杂性。在基因组分析过程中,主要问题是处理重复的DNA序列。如果序列重复长度优于基本读者,构建参考基因组独特的同构就不会有困难,甚至不可能。

同样,基因mRNA分析的过程也面临着一些挑战。"大多数基因包含多个外显子,因此基因的长度比阅读区的长度长."PersonalizedHealthcare的布伦通拉威尔博士回答说:“因此,不可能使用长链阅读器来准确理解特定样本中不存在哪种异构体。”牛津纳米孔是一家备受瞩目的基因测序公司。

去年春天,牛津纳米孔公司首次发布了MinION,这是一种基于纳米孔技术的测序仪。虽然牛津纳米孔在6月份推迟了宣布时间,但该公司已经明显将其技术扩展到了公众领域。目前MinION测序仪使用的研究团队多达1000个。

在原版出版后的一年内,通过酶化学和纳米孔设计的一系列改进,MinION的产量从不到1亿迅速增长到10亿之多。在质量、产量和成本上,MinION和Illumina没有一定差距,但牛津纳米孔的仪器在阅读器长度和移动性两个方面有优势。根据用户报告,上千读者的平均长度高达10万。

DNA的输出质量和它的储存准备可能是让读者长的唯一确定因素。也就是说,如果满足输出质量,准备存储,就需要缩短阅读器长度。同时,MinION也是手持定序器,甚至可以在现场采集数据,而不必将处理后的样品送回实验室进行分析。

一开始数据质量比Illumina高,但经过改进,数据质量有了很大提高。最近R9主要以快捷方式为主,在理想环境下,测试准确率已经下降到95%。太平洋生物是宽链读码测序的领先者,近年来取得了很大的成就。

在去年的美国人类遗传学协会上,该公司发布了一个新平台——续集。该平台是与罗氏合作开发的。与之前的RSII相比,各方面都有所提高。与RSII相比,Sequel的投入亲和力更大,占据了近2/3的前期空间,仅占前期成本的一半。

一直以来,太平洋生物科学公司都希望能够充分利用该平台来解决化学和供应问题,尤其是可消耗的SMRT(单分子、实时)细胞。目前这两个问题都有可能解决,公司正在等待第一批客户分解数据对系统。除了以上两个,GemCode的10XGenomics在行业内也是有影响力的,可以从底层短链阅读器数据进行分解连接。虽然这种技术没有一些缺陷,比如在擅长底层短链的读者的重复碎片中没有起到很大的作用。

但是目前平台运行良好。今年早些时候,它与Illumina签署了一项领先的营销协议。如果Illumina的分子同步长链阅读器技术下滑,协议就生效。尽管发生了一些变化,但长链读码器技术,尤其是基因mRNA测序仍然存在一些问题,亟待解决。

“问题之一是目前这些平台的吞吐量,但更大的问题是逆转录酶太断断续续。”格勒夫利博士解释道:“在RNA的必要测序中,性能优越的逆转录酶可以带来相当大的变化。

“令其基因研究人员兴奋的是,牛津纳米孔在最近发表的一篇论文中指出,他们开始销售MinION测序核糖核酸的商业试剂盒。


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